sebuah kisah 26 tahun yang lalu
[1972], ada seseorang bernama
Misaki Yomiyama yang
bersekolah di sekolah
Yomiyama North Middle School.
Dia telah populer semenjak
kelas 7. Dia pintar dan memiliki
pribadi yang menarik. Ketika dia
naik kelas 9, Misaki meninggal
karena sebuah kecelakaan.
Semua orang terkejut. Tapi
tiba-tiba ada salah seorang
murid yang menunjuk meja
Misaki dan mengatakan "Misaki
ada disana. Dia tidak mati."
Hingga pada akhirnya seluruh
kelas 9 percaya bahwa Misaki
masih hidup. Hal itu berlanjut
sampai mereka wisuda. Bahkan
Kepala Sekolah tersebut,
menyediakan kursi kosong
untuk upacara kelulusan
Misaki. Kemudian alur cerita
berlanjut ketahun selanjutnya ,
tahun 1988, musim semi.
Sakakibara Koichi [15 tahun]
pindah dari kota Tokyo ke
Yomiyama. Ia tinggal disana
bersama kakek dan neneknya
beserta bibinya Reiko,
sementara ayahnya berada di
India. Sakakibara merupakan
murid transferan, ia kini
disekolahkan di sekolah
Yomiyama North Middle School.
Tapi ia tidak kesekolah di hari
pertama beberapa minggu
karena sakit. Ketika dirumah
sakit ia dikunjungi oleh ketiga
teman sekelasnya yang bernama
Izumi Akazawa yang merangkap
sebagai ..., Yukari Sakuragi dan
Tomohiko Kazami. Ketika
Sakakibara keluar dari
ruangannya hendak menuju lift,
ia tak sengaja bertemu seorang
gadis, sebelah matanya
tertutup, dan ditangannya ada
sebuah boneka, tak lupa gadis
itu memakai seragam yang sama
dengan seragam sekolahnya.
Gadis itu bernama Mei Misaki.
Ketika Sakikibara sembuh dari
sakitnya, ia datang kesekolah.
Bibinya Reiko Mikami yang
merangkap sebagai wakil wali
kelas 9-3, kelas Sakakibara,
memberikannya beberapa
petunjuk. Hingga akhirnya ia
bertemu lagi dengan gadis yang
bersama dengannya di lift
rumah sakit. Semua siswa kelas
9-3 merasa tak mengenalnya
ketika Sakakibara menanyakan
perihal tentang seorang gadis
bernama Mei Misaki. Hanya ia
satu-satunya murid yang tak
tahu apa-apa tentang sebuah
rahasia yang tersimpan didalam
kelas 9-3. Mungkin karena
Sakaki awal mulanya bicara
dengan Mei, hal itulah yang
membuat semua teman sekelas
Sakaki sulit untuk
menceritakannya. Sakakibara
terus saja mendekati Mei,
walaupun ada beberapa siswa
yang ingin menghalangi Sakaki.
Mei pernah mengatakan bahwa
ia sebenarnya diperlakukan
sebagai seseorang yang 'tak
pernah ada'. Hal ini untuk
menghindari dari kematian,
walaupun tidak beberapa persen
terhindar. Tak lama kemudian
Sakakibara juga diperlakukan
sama dengan Mei, dianggap tak
pernah ada. Hingga akhirnya Mei
menceritakan kejadian
sesungguhnya pada 26 tahun
yang lalu, yang mengakibatkan
seluruh warga kelas 9-3
semakin dekat dengan
kematian. Hal ini bermula
setelah angkatan murid Misaki
lulus. Begitu hal itu terjadi
maka akan dimulai ada yang
mati setiap bulan entah itu
murid ataupun keluarga
mereka. Ia juga mengatakan,
di tahun berikutnya, kelas 9-3
selalu memiliki siswa tambahan.
Siswa tambahan itu merupakan
orang yang telah mati, dan juga
susah untuk dibedakan dengan
yang lainnya, karena ia juga
memiliki jasad. Dan juga setiap
semester ajaran baru, bangku
dikelas 9-3 selalu kurang satu.
Biarpun sudah disiapkan cukup
untuk penghuni kelas.
Korban satu demi satu
berjatuhan, karena tak tahan
lagi Sakaki CS ingin menemukan
petunjuk yang ditinggalkan oleh
siswa yang telah lulus tahun
lalu. Siswa itu berhasil
menghentikan malapetaka
tersebut.
