Harry Potter este un băiat care trăiește cu unchii și cu vărul lui. I-a fost spus că părinții i-au murit pe când avea doar un an într-un accident de mașinǎ și unchii lui au grijă de atunci de el. Este tratat destul de rău acasă, stând într-o cămăruță amenajată sub scări. Într-o zi, Harry verifică poșta și observă o scrisoare adresată lui, de la școala de vrăjitorie Hogwarts, însǎ unchiul lui rupe scrisoarea, nelăsându-l să o citească. În următoarele zile, o mulțime de bufnițe bombardeazǎ cǎsuța poștală cu scrisori asemǎnǎtoare, pe care unchiul Vernon le arde. Într-un efort de a evada,familia Dursley se mutǎ din loc în loc ajungând în cele din urmǎ pe o insulǎ pǎrǎsitǎ.
În acea noapte pe când Harry își serba ziua, Rubeus Hagrid, păstrătorul cheilor și îngrijitorul vânatului de la Hogwarts dǎrâmǎ ușa ca sǎ-i aducǎ personal o scrisoare și un tort. Îi spune lui Harry cǎ este de fapt un vrăjitor și, dacă vrea, poate merge la Hogwarts să învețe magia. De asemenea părinții lui nu au murit într-un accident de mașină, iar familia lui îi ascunsese asta dintr-o speranțǎ deșartă că Harry nu va deveni vrǎjitor. A doua zi acesta pleacǎ cu Hagrid sǎ-și cumpere rechizite. Intrând în lumea magică din Londra, el descoperă că este faimos, fiind Băiatul Care A Supraviețuit Lordului "Cap-de-mort" după ce acesta îi omorâse părinții, singurul semn al confruntării fiind o cicatrice în formă de fulger.
Hagrid îl duce pe Harry la Gringotts, banca vrăjitorilor, de unde iau, în afară de bani, și un pachet misterios. După aceasta, se duc la cumpărături, iar Harry primește încă un cadou: propria lui bufniță mesageră, Hedwig.
În trenul care-i duce pe elevi la Hogwarts, Harry își face doi prieteni:Ron și Hermione. La școală elevii sunt împărțiți în patru case: Astropuf (Hufflepuff), Cercetaș (Griffindor), Ochi-de-Șoim (Ravenclaw), și Viperin (Slytherin). Ron, Hermione și Harry sunt sortați la Cercetași, deși Jobenul Magic care face Sortarea se decide greu între Viperin și Cercetaș când este rândul lui Harry. În următoarele zile, Harry face cunoștință cu profesorii, dintre care îl displace în mod special pe Severus Plesneală (Snape), profesorul de Poțiuni. Harry ia prima lecție de zburat cu mătura și se descurcă atât de bine încât este selecționat în echipa de Vâjthaț (Quidditch) a Cercetașilor, pe postul de căutător.
Draco Malfoy îl păcălește pe Harry, ademenindu-l într-o capcană; Harry, Ron și Hermione fug de la locul de întâlnire, ajungând pe coridorul de la etajul trei, care este strict interzis elevilor din ani mici. Ascunzându-se la întâmplare într-o încăpere, ei "fac cunoștință" cu un câine uriaș cu trei capete, care păzește o trapă. Mai târziu, cei trei vor afla de la Hagrid că numele acestui câine este Fluffy, și vor presupune că acesta păzește pachetul misterios luat de Hagrid de la Gringotts.
În timpul cinei de Halloween, profesorul Quirell anunță că un căpcăun (troll) a pătruns la subsol, iar Dumbledore, directorul școlii, îi trimite pe toți în dormitoare. Harry si Ron se despart de grup si merg in cautarea capcaunuilui pe care Harry il incuie in baia fetelor. Realizand ulterior ca Hermione era in baie impreuna cu trolul, Harry si Ron debaricadeaza usa și reușesc după o scurtă luptă să-l lase inconștient, salvând-o pe Hermione. Pentru aceasta, Hermione le ia apărarea celor doi în fața profesoarei McGonagall. Harry observă că profesorul Snape are o rană la picior și presupune că el a adus căpcăunul în castelul Hogwarts ca o diversiune ca să poată trece de Fluffy și să ia pachetul păzit.
La primul meci de Vâjthaț al lui Harry, nu-și poate controla mătura, aceasta fiind vrăjită de către un spectator răuvoitor. Hermione îl observă pe Pleseneală că murmură cuvinte magice, așa că furișându-se sub tribună, ea îl oprește dându-i foc la pelerină. Drept urmare, Cercetașii câștigă datorită lui Harry care prinde Hoțoaica Aurie (Golden Snitch) in gura, aproape înnecându-se cu ea.
Harry, Ron și Hermione îl interoghează pe Hagrid și află că pachetul aparține lui Nicholas Flamel. În consecință, cei trei încep să caute peste tot prin bibliotecă materiale despre Nicholas Flamel, încercând chiar și în secțiunea interzisă.
De Crăciun, Harry primește cadou de la un necunoscut o pelerină invizibilă, despre care se spunea în biletul care o însoțea că fusese a tatălui lui Harry. Harry o folosește ca să caute neobservat în secțiunea interzisă a bibliotecii informații despre Nicholas Flamel, dar cartea pe care o nimerește scoate un tipat ingrozitor ce îl dă de gol. În timp ce încerca să se întoarcă spre dormitoarele Cercetașilor, Harry se ferește de Filch, îngrijitorul, (care fusese alertat de zgomotele de mai devreme) și de Snape (pe care îl informase Filch). Ascunzându-se iar într-o încăpere apropiată, Harry dă peste Oglinda Erised (joc de cuvinte, care ar putea fi în limba română Ețnirod), în care își vede părinții. Însă când încearcă să-i arate și lui Ron, oglinda îi arată acestuia că este Șef de Serie și că a câștigat Cupa Caselor și Cupa Hogwarts la Vâjthaț.
După ce Harry descoperă întâmplător o mențiune despre Nicholas Flamel, Hermione deduce că acesta este creatorul Pietrei Filozofale și cei trei conchid că pachetul pe care îl păzea Fluffy este Piatra Filozofală, bănuindu-l pe Snape că încearcă să o fure. Mai ales după ce, după un meci de Vâjt-Haț, Harry îl aude pe Snape amenințându-l pe Quirell intr-o sala de clasa goala. Hagrid le spune însă că Snape o păzește, la fel ca ceilalți profesori, și în nici un caz nu vrea să fure Piatra Filozofală.
În noaptea în care Harry și Hermione îl ajută pe Hagrid, să scape de un pui dragon crescut cam măricel, cei doi sunt descoperiți pe coridoare (ceea ce este interzis noaptea), fiind pârâți de Draco, iar Neville este de asemenea prins în timp ce încearcă să-i găsească pe cei doi colegi ai săi și să-i avertizeze; pentru asta toți patru (adică și Draco) sunt pedepsiți să-l ajute pe Hagrid. Acesta îi duce în Pădurea Interzisă, unde se descoperise că cineva ucide inorogii pentru a se folosi de proprietățile sângelui acestora. Harry, Draco și Fang tocmai îl surprind pe acesta, însă nu îl pot recunoaște pentru că este ascuns sub o pelerină. Fără însoțitori și pe cale de a fi atacat, Harry este apărat de centaurul Firenze. Bazându-se pe ce auzise în pădure, Harry crede că Snape vrea Piatra Filozofală pentru a-l readuce la viață pe Voldemort.
Cei trei află că Hagrid i-a spus unui străin cum poți să-l anihilezi pe Fluffy: si anume punandu-i muzica. Orice sunet asemanator muzicii l-ar fi adormit pe cerber. Cei trei se hotărăsc să intre în camera unde l-au întâlnit pe Fluffy. Ei descoperă că altcineva a intrat deja înaintea lor, dar trebuie să se confrunte și cu alte măsuri de siguranță puse de Dumbledore și de ceilalți profesori. Fluffy nu a fost decat o incalzire pentru probele ce urmeaza, dupa ce acestia reusesc sa treaca de el urmeaza prima proba care este reprezentata de o planta numita Latul Diavolului (Devil's Snare) care se incolaceste asupra victimei pana ce o sugruma. Folosind o vraja, Hermione arde planta care ii elibereaza numadecat. A doua proba este gasirea cheii care le va permite sa treaca mai departe, printr-o usa veche din lemn cu o iala de argint. Cu ajutorul prietenilor sai, Harry reuseste sa prinda Cheia potrivita si varand-o repede in incuietoare usa se deschide, ei trecând mai departe. A a treia piedică o reprezintă un joc de șah de mărimea unui om. Ron reușește să învingă, însă doar sacrificându-se pe sine. Trecand mai departe Harry și Hermione descopera piedica pusa de profesorul Pleseneală, o ghicitoare ingenioasă ce are la baza poțiuni. Ghicitoare este rezolvată rapid de Hermione, pe care Harry o trimite inapoi la Ron pentru a-l ajuta și pentru a-i trimite lui Dumbledore o bufniță anuntându-l de cele intâmplate. Hermione rămâne să-i anunțe pe profesori, iar Harry continuă. In ultima camera, unde ar fi trebuit sa-l astepte ultima proba, Harry gaseste un troll mort, ucis probabil de cel care a intrat acolo inaintea lui. Harry ajunge in ultima camera, insă nu-l găsește pe profesorul Snape înăuntru, ci pe profesorul Quirell, în fața Oglinzii Erised, neștiind ce să facă. Acesta are atașat pe spatele capului său pe Voldemort, care încearcă să-l folosească pe Harry ca să pună mâna pe Piatra Filozofală. Dar planul nu reușește, și Piatra rămâne la Harry. Quirell încearcă să ia Piatra cu forța, dar se arde când îl atinge pe Harry. Harry se trezește după ceva timp la infirmierie, având cadouri de la admiratori. Dumbledore îi spune că Ron și Hermione sunt bine și că Piatra Filozofală a fost distrusă, ceea ce înseamnă că Nicholas Flamel va muri nu după mult timp. În timpul festinului de la sfârșitul anului, Dumbledore acordă unele puncte de ultim moment Cercetașilor și aceștia câștigă astfel Cupa Caselor.
