Odată cu venirea lui Pep in vara anului 2013 la conducerea echipei a inceput o noua era la Bayern. După ce au reușit in luna mai a aceluiași an sa câștige tripla (cupa, campionat, Champions League) Jupp Heynckes părăsește echipa lăsând locul lui in mâinile tehnicianului catalan in vârsta de 41 de ani. Acesta a implementat sistemul de joc pe care il folosea la Barcelona in urma cu câțiva ani si care a dat un randament bun reușind sa aducă echipa in cei 4 ani in care acesta a antrenat acolo la rangul de cea mai buna echipa a lumii. Acesta a facut si câteva transferuri surprinzătoare. Guardiola l-a adus pe Thiago un jucator catalan tanar, de persepectiva cu care a lucrat si in ultima perioada a sa la Barcelona. Totodata odată cu venirea lui Guardiola la Bayern a ajuns si Mario Gotze cea mai mare speranța a Germaniei la acel moment. Transferul lui Mario de la marea rivala a bavarezilor, Borussia Dortmund fiind si cel mai scump transfer din istoria Bundesligii, acest transfer lăsând o gaura in bugetul celor de la Bayern de nu mai putin de 38,5 milioane de euro. Cel de-al treilea transfer dar nu si cel din urma a fost cel al lui Jan Kirchoff. Din păcate pentru multi suporteri aceste veniri nu au fost singurele schimbări făcute de Pep in lot pentru câțiva jucatori exponențiali perioada lor la Bayern încheindu-se. Jucatori precum Mario Gomez, Anatoliy Tymoschuk sau Luiz Gustavo transferându-se la alte echipe. După o vara in care Bayern a fost prezenta pe piața transferurilor echipa era gata de un nou sezon si de o noua era cu noi așteptări.