La Machine, introuvable, continue quand même de donner des numéros à Harold et John ( Reese )
maintenant aidés par l'ex-agent du gouvernement Sameen Shaw. Toujours renseignée par Fusco et le lieutenant Joss Carter, qui garde en secret enfermé Elias, l'équipe essaye toujours de sauver les innocents et d'arrêter les criminels. Alors que Root, internée en hôpital psychiatrique, reste en contact avec la Machine, le gouvernement, Decima Technologies, le « HR » ou encore un groupe défendant le droit à la vie privée se faisant appeler « Vigilance » essayent de contrecarrer leur mission...
