Akibat peperangan yang semakin memanas antar dua kubu, Kyoto terbakar, Kenshin dan Tomoe pergi dan tinggal di sebuah desa terpencil sebagai suami istri. Terjebak dalam persekutuan orang yang ingin membunuh Kenshin, Tomoe pergi ke sebuah gunung untuk menyatakan kelemahan Kenshin. Rupanya orang-orang ini mengkhianati Tomoe dan menjadikan Tomoe sebagai sandera untuk memancing Kenshin. Kenshin akhirnya pergi untuk menyelamatkan Tomoe. Dalam pertarungan, Kenshin bertarung imbang dengan orang terakhir. Di saat keduanya akan meluncurkan serangan terakhir yang akan membuat keduanya mati, Tomoe berlari ke tengah mereka dan melindungi Kenshin. Tebasan pedang Kenshin menembus Tomoe dan mengenai musuhnya hingga mati. Tomoe yang terbaring lemah tidak bisa mengeluarkan kata-kata walau sebenarnya ia ingin mengatakan pada Kenshin untuk jangan merasa bersalah dan ingin Kenshin terus hidup dan bahagia. Kenshinpun menangis dan beteriak dalam keputusasaan dan kepedihan yang sangat. Setelah kembali ke rumahnya, Kenshin yang bingung akan semua kejadian ini mendapati buku harian Tomoe dan kedatangan Kogoro Fujita sang tokoh utama pemimpin era Meiji yang menjelaskan fakta bahwa ia telah membunuh tunangan Tomoe. Kenshin mengubur dalam-dalam kesedihannya dan maju dalam peperangan Bakumatsu terakhir hingga akhirnya kubu Meiji menang dan era Meiji tercapai. Inilah awal dimulainya Kenshin menjadi pengembara.
