Tarih Öncesi Dönem
Coğrafi konum itibariyle tabii yol üzerinde olan Malatya ön tarihinin Paleolitik çağa kadar indiği, Ansır (buzluk) ve İnderesi mevkiinde bulunan mağaralardan anlaşılmıştır.
1979 yılında başlayan Karakaya Baraj Gölü kurtarma kazıları kapsamındaki İzollu mevkii Cafer Höyükte yapılan kazılarda, o yöre insanının Paleolitik mağaralardan çıkıp ilk defa ovada tarım ve hayvancılıkla uğraştıkları ve yerleşik köy hayatına başladıkları anlaşılmıştır. Cafer Höyük kazılarıyla, Malatya ve çevresinin M.Ö. 7000 yılında İskana başladığı anlaşılmaktadır.
1979 1986 yılları arasında kazıları sürdürülen PirotCaferhöyük çalışmaları sonucu dünyanın ilk heykel örneği sayılan, beyaz kireçtaşından yapılmış küçük figürler, M.Ö. 7000 yılına tarihlenmektedir. Kazı sonrası gün ışığına çıkarılan bu eserler halen Malatya müzesinde sergilenmektedir. Tarih kronolojisi'ni takip ettiğimizde, yörenin ana seramiği tek renk olup, ateşte az pişirilmiş koyu astarlıdır. Bu seramik yanında ithal malı Halaf tipi seramik örneklerinin Hekimhan, Kuyuluk, Hinso ve Arguvan Karahöyükte; Hassuna boyalı Seramik örneklerine ise Aslantepe, Değirmentepe, İsahöyük ve Fırıncıhöyük'te rastlanmaktadır. Aslantepe ve Değirmentepe kazıları, bölgedeki yerleşimin M.Ö. 5000 3000 yılları arasında Kalkolitik çağda devam ettiğini göstermektedir.
Değirmentepe ve Aslantepe'de çok sayıda taştan ve pişmiş topraktan damga mühürleri ile pişmemiş toprak mühür baskıları bu yörelerin önemli bir ticaret merkezi olduğunu belgelemektedir. Anadolu ile olduğu gibi, Kuzey Mezopotamya ve Suriye ile de Fırat Nehri yolu ile ticaret bu dönemde yapılmıştır.
M.Ö. 3000 yılında Malatya yöresinde seramik genellikle elle yapılmış, hamuruna ince kum karıştırılmış siyah astarlıdır. Bu seramik örneklerine; Aslantepe, Hasırcı, Fırıncıhöyük, Karahöyük, İsahöyük, Morhamam, Kösehöyük, İmamoğlu, Değirmentepe, Köşgerbaba ve Pirothöyük'te rastlanmıştır.
Eski tunç II. döneminde, M.Ö. 2500 yıllarında başlayan seramik örneklerine yörede yer yer rastlanılmıştır.
Eski tunç III. evrelerine ait elle yapılan, ateşle pişirilen seramikler Malatya bölgesinde çoğunlukla deve tüyü renkli olup, üzerindeki süsler, geniş bantlar şeklinde desenlerle kaplıdır. Bu örneklere Aslantepe, Değirmentepe, Pirothöyük'te rastlanmıştır. Aslantepe kazılarıyla 1992 yılında gün ışığına çıkarılmış ve M.Ö. 3200 yıllarına tarihlenen tapınak, bölgenin en önemli dini ve kültür merkezi konumuyla , Mezopotamya Kültürü ile çağdaş ve hatta Anadolu'nun ilk tapınak örneklerinden olarak tarih ve arkeolojiye ışık tutmaktadır.
Hitit Dönemi
Hititlerin Anadolu'da, M.Ö. 2000 yıllarının başında varlıklarını gösterdikleri Aslantepe'den çıkarılan bazı seramik örneklerinden anlaşılmaktadır.
M.Ö. 1750 yıllarında Kuşsara Kralı Anitta, Anadolu'yu tek bir yönetim altında toplayarak siyasi birliği sağlamıştır.
Bu dönemde Malatya'nın, büyük bir ihtimalle, siyasi birliğe katıldığı sanılmaktadır. I. Hattusilis, Kuzey Suriye yolunu emniyet altına almış, yerine geçen oğlu I. Mursilis ise Anadolu birliğini Halep ve Babil seferlerinden sonra sağlamış. Malatya' nın bu krallar döneminde kuzey Suriye ile Anadolu arasında önemli yol kavşağında olması sebebiyle Hitit birliğine girdiği ve bir Hitit şehri olduğu kabul edilebilir. I. Mursilis, babası I. Hattusilis 'in gösterdiği, dış menfaatlerinin güneyde olduğu fikri üzerine hareket edip, Halep ve Bağdat'ı fethederek "Büyük Kral" unvanını aldığı Akad metinlerinde görülmektedir.
Hitit Krallarından Ammunas ile Huzziyas'tan biri döneminde M.Ö. 15. yüzyılda yer yer görülen isyanlar sonunda Hitit Birliğinin kuzey Suriye'deki egemenliği Mitanni Krallığının eline geçmiştir. Böylece, Malatya'da bu dönemde Mitanni eğemenliği altına girmiştir. Hitit Kralı Şuppiluliuma, M.Ö. 1450 yıllarında Fırat Nehrini geçerek bölgede yer alan Mitanni eğemenliğine son verilmiştir.
