Totoo man o hindi ang Maragtas, kung may sampung datu ngang tumakas mula Borneo, bago pa sila nag-ati-atihan sa Panay, nakarating na sa Pilipinas ang mga Arabo.
Ang mga una ay hindi pa Muslim, nagkakalakal lamang, ngunit bandang 1300, nagkaroon na ng daungan sa Jolo ang mga Muslims, Arabe, Malay at mga taga-Indonesia, sabay sa pagbagsak ng kaharian ngMajapahit sa Java. Mula Malaysia at Indonesia, hindi sa Arabia, ang Islam na pumasok sa Pilipinas nuong 1350, nang nagkaroon ng sultan o hari sa lungsod ng Malacca sa Malaysia. Mabilis ang paglawak ng Islam sa mga pulu-pulo, ang isang dahilan ay ang paggamit ng kanyon. Ang mga kahariang Muslim ay sa mga kapwa Muslim lamang naglalako ng kanyon. Sa Malacca nanggaling si Makdum [ama sa wikang Arabe], ang unang nagturo ng Islam sa Sulu. Duon siya namalagi hanggang mamatay nuong 1380, at nalibing sa Tawi-Tawi. Siya ang kinikilala ng mga Tausug na simula ng kanilang kasaysayan sa Sulu.
Ipinagpatuloy ang pagtuturo ng Islam sa Sulu ni Rajah Bagginda, mula naman sa Sumatra, Indonesia. Napangasawa ng anak niya si Abu Bakr, isang lagalag mula Arabia na, nang mamatay si Rajah Bagginda nuong 1450, ay hinirang ang sarili niya bilang sultan ng Sulu.
Siya ang unang hari sa Pilipinas.
Gumaya sa kanya si Mohamed Kabungsuwan, isang maharlikang tumakas mula sa Malaysia nang sakupin ng mga Portugis ang Malacca nuong 1511. Pagkarating sa tinatawag ngayong Malabang nuong bandang 1515, pinangasawa niya ang mga anak na babae ng ilang datu sa gitnaang Mindanao, pati na ang mga Iranun at mga Maranao. Isa sa mga napangasawa ay si Putri Tunoma, prinsesa sa Cotabato, at duon itinayo ni Kabungsuwan ang kanyang kaharian ng mga nakararaming Maguindanao.
Siya ang pangalawang hari sa Pilipinas.
Siya ang nakaluklok sa Mindanao nang dumating sa Pilipinas ang mga unang Espanyol, sina Ferdinand Magellan, nuong 1521. Isa sa mga anak niya kay Angintabu, princesa naman ng mga Iranun, si Saripada Makaalang, ang sultan ng malawak na kaharian sa kalagitnaan ng Mindanao nuong 1543 nang dumating ang isa pang pangkat ng mga Espanyol, sina Ruy Lopez de Villalobos, ang nagpangalan sa Pilipinas.
Pagkasakop ng mga Espanyol sa kalakihan ng Visayas at Luzon, nuong panahon na ni Miguel Lopez de Legazpi, tinangka nilang simulan ang pagsakop sa timog Pilipinas ngunit napasama sila sa labu-labo ng mga Tausug, mga Maguindanao at ang mga Iranun at mga Maranao ng Buayan. Nagdigmaan pa ang mga taga-Buayan laban sa mga Maguindanao nuong 1619 hanggang 1621 bago naging pangunahing sultan siKudarat, kilala ng mga Espanyol sa pangalang Corralat at ng mga Dutch bilang Guserat. Sa kanyang 50-taon paghahari mula nuong 1619 hanggang 1671, naging makapangyarihan ang kaharian ng mga Maguindanao, umabot mula sa Davao hanggang Dapitan, sa hilagang dalampasigan ng Zamboanga.
Sa pamumuno ng mga sultan o hari sa Pilipinas, naging malakas at magilas ang mga Muslim sa Mindanao at sa ilang pulo ng Visayas. Nagsisimulang dumanak ang mga Muslim sa Luzon nang dumating ang mga sundalong Espanyol ni Legazpi nuong 1565; malamang naakit o nadaig nila ang buong kapuluan kung hindi sila sinupil ng mga Espanyol. Ang mga Muslim ang unang nagpasok ng maraming kanyon sa Pilipinas.
Ang mga unang Muslim, at unang "naghari" sa Mindanao ang mga Tausug, ang mga tao ng usug o agos [ng dagat]. Nagkakalakal, nagpupuslit [smuggling], nang-aalipin [slave trading], mapusok, pala-away, mga tunay na lalaki. Sa tingin nila sa sarili, nakatataas sila sa lahat ng tao sa Mindanao. May 3 sapinan ang kanilang lipunan, - ang maharlika, ang karaniwang mamamayan, at ang mga alipin. Lubha nilang ikinararangal ang kanilang pangalan, ayaw mabahiran ng anumang pintas lalo na ng pagkaduwag. Kumpol-kumpol ang mga magkakapit-bahay sa mga dalampsigan; sa looban, kalat at magkakahiwalay ang mga bahay. Ang mga bahay nila ay karaniwang nakasampa sa mga tukod na puno, 2 tao ang taas ng sahig mula lupa, at may batalan papuntang likuran o kusina. Upang makapasok ang araw sa umaga, hanggang maaari ay inihaharap nila sa silangan ang pintuan ng bahay sapagkat karaniwang walang durungawan ang mga bahay, mga siwang lamang ang nasa mga dingding. Para daw madaling maipagtanggol, at para maikubli ang kanilang mga dalaga.
Malaki ang mga sala nila, mahilig silang magkabisita. Isang dingding sa sala ay karaniwang buo at duon nakasalansan ang kanilang mga banig at kutsong kapok na gamit sa pagtulog. Madalas may taklob na nakasabit sa kisami.
Mahilig magnga-nga at magbihis ng magara ang mga Tausug, lalo na kung may pagdiriwang - may nakasulsi pang ginto-ginto sa damit. Ang mga babae ay nagsusuot ng pantalong maluwag, tinatawag na sawal sa Tagalog] at balot ng patadyong na maaaring gamiliting balabal, kumot o kung kinakailangan, duyan. Ang mga lalaki ay nagpapantalon ng makipot, tinatawag na salway kuput [makipot na salawal] na hanggang binti lamang ang haba. May balot na malaking panyo sa ulo, ang putong, na maaaring gamiting sisidlan o supot. Ang tinitignan nilang kayaman ay ginto at alahas. Karaniwang nagmamana ng mga alahas ang mga babae; alahas din ang inaasahang handog ng mga lalaki sa kanilang asawa paminsan-minsan. Ang mga lalaki ay mapagmahal sa kanilang mga sandata, lalo na ang mga baril.
Ang mga Maguindanao ang sumunod na naging Muslim, at sumunod naging "hariCentral Plains ng Cotabato. Sila ang pinakamalaking tribo sa Mindanao, mga magsasaka at mangingisda, naging mga mandirigma at makapangyarihan sila dati sa buong kapuluan. Kulang-kulang 100 taon pagkarating ng mga Espanyol sa Pilipinas, ginapi at pinalayas nila ang mga Espanyol sa Zamboanga at sa buong Mindanao nuong 1663, sa pamumuno ni Sultan Kudarat. Nakipag-ugnay at nakipagkalakal pa sila sa mga taga-Holland, ang mga Dutch na sumasakop nuon sa Maluku [Moluccas, Spice Islands] at kalakihan ng Indonesia.
Ang mga Maranao sa paligid ng Lanao Lake ang pinakahuling naging Muslim. Bantog sa kanilang magagandang ukit sa kahoy, nag-aaway-away sila-sila. Kalapit sa mga Maguindanao, maraming pinaghawig ang 2 tribo; mahilig din sila kapwa sa awit at sayawang sinasaliwan sa mga gong.Kahit na sila ang huling naging Muslim, masugid ang mga Maranao sa pagsampalataya. Ayaw nilang makipag-ugnay sa mga hindi Muslim; makaluma sila at magalang, away pasaling, umabot man sa patayan.
Ang mga Maranao ay may kapangkat, ang mga Iranun o Ilanun sa hilagang libis sa baybayin ng Illana. Inaangkin nila na mga takas sila, o ang mga pinuno man lamang nila, mula sa mga kaharian ng Sri Vijaya at Majapahit sa Indonesia. Bagaman naging mga Muslim, patuloy na ginamit ng kanilang mga pinuno ang parangal na rajah mula sa India sa halip ng sultan na mula sa Arabia. Nasalaysay na dati silang naninirahan sa Misamis Oriental, napilitang lumikas nang sumabog ang bulkang Hibok-hibok sa pulo ng Camiguin. May kasabay pa raw na dambuhalang alon [tsunami or tidal wave]. Ang sabi, ang iba sa mga Iranun ay humiwalay at sa Lanao nagtuloy.
Sa mga naging Muslim, ang mga Samal ang pinakahirap, sunud-sunuran sa ibang tribo sa paligid. Kumpol-kumpol sila sa mga kubong nakapatong sa mga tukod na nakatarak sa dalampasigan ng dagat o tabing ilog. Isda at gulay lamang ang kinakain nila; madumi ang tingin nila sa karne ng mga hayop sa lupa. Madalas silang makihalo sa mga espiritista at naniniwala sila sa mga bathala at diwani ng mga ilog, batu-bato at malalaking punung-kahoy.
Kaugnay sila ng mga Badjao, ang mga palaboy ng dagat. Sukdulang naninirahan sa kanilang mga bangka o vinta, umaahon lamang sila sa lupa upang mailibing pagkamatay.
Sa pulo ng Basilan naninirahan ang munting tribo ng mga Yakan, nagsasaka at nagpapastol ng hayop, naghahawi ng tela at banig. Tahimik at malumay, hindi gaanong makulay ang kanilang mga damit. Kagawi at malamang kauri nilang malapit ang mga Tagapulong Magdaragat[Polynesians] na sumakop sa Hawaii at iba pang pulu-pulo ng Pacific Ocean. Nagtatanim sila sa mga gulod at gilid ng bundok ng kamote, gabi, buko at gulay. Magkakalayo ang kanilang bahay-bahay na karaniwang malapit sa simbahan ng mga Muslim [mosque] gayung matumal ang kanilang pananampalataya, nahaluan ng dati nilang pagsamba sa anyito at mga kaluluwa sa pali-paligid.
Inaangkin na mga Muslim din daw si Rajah Suliman, ang huling katutubong pinuno sa Manila na sinakop ng mga Espanyol. May ilang kanyon si Suliman, pahiwatig na sinusulsulan siya ng mga Muslim na sumasarili nuon sa mga kanyon sa kapuluan. Ngunit walang ulat ang mga Espanyol na Muslim ang mga taga-Manila na dinatnan nila. Masugid ang mga Espanyol sa pagtuus sa mga Muslim, kaya mahirap paniwalaang hindi nila napansin kung Muslim sina Suliman. Ang nababakas lamang sa mga lumang ulat ng Espanyol ay bagong salta sina Suliman at hindi pa nagtatagal ang pagsakop ng pangkat niya sa Manila nang dumating ang mga Espanyol. Ang mga katutubo sa paligid ng Manila nuon ay nagtangkang kumampi sa mga Espanyol dahil nais nilang gapiin sinaSuliman. Pahiwatig ito na hindi nagkaroon ng sapat na panahon si Suliman na pagbuuin at patatagin ang kapangyarihan niya sa pali-paligid.
