Sa pinakauna at ikalawang kabanata pa lang, kung saan pinakilala ni Rizal ang mga pangunahing tauhan ng El Filibusterismo sa kubyerta, pinakakita na niya ang isa sa mga pngunahing sakit sa lipunan, ang pagkakaroon ng diskriminasyon sa pagitan ng mga makapangyarihan at mga mahihirap.
Inilarawan doon ang pagkakaroon ng diskriminasyon, ang pagkakaroon ng ibabaw at ilalim na kubyerta. Ang mga nasa itaas na kubyerta ay siyang mga makapangyarihan, mayayaman at may mataas na katungkulan sa pamahalaan tulad ng mga prayle at ang mayaman na si Simoun samantalang ang mga nasa ibaba ng kubyerta ay ang mga taong gustong umunlad ngunit nahahadlangan ng mga Kastila tulad ng mga Indio, mga mangangalakal at mga Intsik.
Pinakita rin ang pagkakaroon ng diskrinasyon pagdating sa pagtamasa ng edukasyon katulad na lang ng nangyari sa isa sa nga pngunahing tauahn bg El Filibusterismo na si Basilio. Noong siya ay nag-aaral ay hindi siya pinapansin ng mga guro at ng kanyang mga kaklase dahil sa kanyang mga mala-basahang mga damit. Ang mga mayayaman at nagbibigay ng luho sa mga propesor ay siyang binibigyan ng mga matataas na grado.
Sa pangkalahatan, ang pagkakaroon ng diskriminasyon ay isa sa mga nangingibabaw na kanser sa lipunan ng El filibusterismo. Dahil sa pang-aabuso ng mga nakakataas ng kanilang mga kapangyarihan nagkakaroon ng pagdiskriminasyon sa mga nasa ibaba .
Grabeng pagpapasakit ang ibinigay ng mga Kastila sa mga Pilipino. Ang pagturing sa mga Pilipino na ipinanganak upang maging alipin ay isang uri rin ng diskriminasyon.
Dahil sa pagiging bukas ng ating bansa sa mga dayuhan, nagiging bihag tao ng sarili nating bayan. Ginagapos natin ang sariling atin. Kung hindi sana pinairal ang kamangmangan hindi sana malulugmok ang Pilipinas sa ganitong sitwasyon at hindi sana tayo itinuring mga alipin.
