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迪亞馬特彗星（ティアマト彗星）每逢1200年造訪地球，在深山小鎮（糸守町／いともりまち）中家族世代經營鎮內「宮水神社」的高中少女宮水三葉、以及東京四谷的高中少年立花瀧，從某天開始，在睡覺的時候，就會靈魂互換，醒來什麼都不記得，感覺像做了奇妙的夢，但周圍的人會講出他們昨天有違平常。他倆很快意識到這種情形，困惑之中開始在彼此智慧型手機留言，逐漸地變得習慣於身體切換，並干預對方的生活。三葉不僅樂於所嚮往的東京生活，也利用女人心這點，幫助瀧更接近其打工的美女前輩奧寺，促成與她約會；而瀧以陽剛的形象，幫助柔弱的三葉在她的學校更受歡迎，雙方逐漸對彼此有好感。

有次三葉（瀧）和妹妹四葉、外祖母一起徒步至宮水神社位在鎮外山上的「御神體」，途中外祖母告訴她們土地神「産霊＝ムスビ＝結」，可以連結人與時間，因此宮水家族的歷代都編織結繩來體現，水酒等進入人體也能形成連結。三人參拜位於破火山口型窪地「隱世」（カクリヨ）上的御神體，並以口嚼酒為半身獻祭。回程時當三葉（瀧）和妹妹四葉、外祖母在觀看糸守湖的夕陽時，外祖母對三葉（瀧）說：「你是不是在作夢？」，瀧聽完後從床上驚醒起來，並發覺自己在流淚。