Ocho años después de los acontecimientos de The Dark Knight, Gotham se encuentra en un estado de paz. En virtud de los poderes otorgados por la Ley Dent, el comisionado Gordon (Gary Oldman) casi ha erradicado la violencia y el crimen organizado. Sin embargo, todavía se siente culpable por el encubrimiento de los crímenes de Harvey Dent. Mientras tanto, tres ladrones están a punto de ser lanzados desde un avión por agentes de la CIA para saber el paradero del terrorista Bane (Tom Hardy); pero, para sorpresa de los agentes, entre los prisioneros se encuentra el propio Bane, quien les ha revelado que su plan consistía en que lo atraparan para poder capturar al doctor Pavel (un renombrado físico nuclear). Luego de eso, el avión donde viajaban los agentes es derribado y estos son asesinados por los secuaces de Bane, no sin antes llevarse con vida al doctor Pavel. Durante un acto en el aniversario luctuoso de Dent en la reconstruida mansión Wayne, Gordon planea admitir la conspiración y asesinatos de Dent y la completa inocencia de Batman sobre aquella noche, pero en el último momento decide que la ciudad no está lista para escuchar la verdad. Mientras investiga el secuestro de un congresista, Gordon es atacado y el discurso cae en manos del villano Bane, que se oculta en una red de túneles en las alcantarillas, junto a un pequeño ejército de secuaces. El comisionado recibe un disparo en el proceso, pero logra arrastrarse por el drenaje y es rescatado por el oficial de patrullaje John Blake (Joseph Gordon-Levitt). En el hospital Gordon asciende a Blake al rango de detective, para que pueda reportarle a él directamente.
Durante el tiempo pasado y debido al actual estado de bienestar de la ciudad, Batman ha desaparecido totalmente de Gotham con una orden de captura en su contra, al igual que lo ha hecho Bruce Wayne (Christian Bale). El multimillonario vive encerrado dentro de su mansión deprimido y agobiado luchando con los recuerdos ocurridos 8 años atrás. Bruce está tan decaído que ha descuidado demasiado Empresas Wayne y esta se derrumba después de haber invertido en un proyecto de energía limpia diseñado para aprovechar la fusión nuclear, impulsado por la filántropa y empresaria Miranda Tate (Marion Cotillard). Sin embargo, el proyecto quedó cancelado después que se conociera que el núcleo podría ser modificado para convertirse en un arma nuclear.
En esta escena entra Selina Kyle (Anne Hathaway), la cual se hace pasar por una camarera que trabaja en la mansión Wayne durante el aniversario de Dent. Al llevar alimentos a un piso superior de la mansión aprovecha la ocasión y roba un collar de perlas de la madre de Bruce y las huellas dactilares de éste, no sin antes encontrarse cara a cara con el mismo Wayne. Selina, al ver a Bruce, le confiesa que no está en sus modales golpear a un "anciano" ya que Bruce se ve totalmente deteriorado, más viejo y usando un bastón para poder caminar por un problema de movilidad en su pierna derecha. Tras de entablar una conversación y dejar en el suelo a Bruce, Selina huye con las perlas y huellas para posteriormente entregarlas a contactos de Bane.
Bruce vuelve después de mucho tiempo a la Batcueva para averiguar el paradero de Selina, mientras que Alfred le aconseja que salga al mundo nuevamente ya que no quiere verlo encerrado y deprimido de por vida. Bruce se niega, diciendo que sin Rachel no hay nada para él fuera, a lo que Alfred responde exponiéndole un íntimo deseo: todos los años, cuando va de vacaciones a Florencia, Italia suele ir a un Café, y mientras toma Fernet Branca observa las otras mesas imaginando que en alguna de ellas estará Bruce junto a su novia o esposa, y, sin necesidad de saludarse, sabría que Bruce está a salvo. Este era su gran sueño después de que Bruce se exiliase durante 7 años (durante los sucesos en Batman Begins), pero éste no hace caso del consejo de su mayordomo y continúa la búsqueda de Selina; aun así, Alfred le hace una última advertencia y le explica que ha investigado por su cuenta a Bane y ha descubierto que nació y se crio en una horrible cárcel tercermundista donde se volvió cruel e inhumano y que tras salir de allí fue reclutado por la Liga de las sombras y entrenado personalmente por Ra's al Ghul; sin embargo, Bane era excesivamente sanguinario aun para la Liga, por lo que fue excomulgado de la orden.
