Comme beaucoup de membres de son clan, Shisui s'était éveillé au Sharingan. Sa maîtrise du Sharingan rivalisait avec celle d'Itachi, tous deux reconnus pour leurs prouesses et la puissance dans leur utilisation.[3] En l'utilisant, il obtint l'accès aux aptitudes de bases du dôjutsu tel que distinguer le chakra, prévoir les mouvements et placer une victime dans un genjutsu paralysant d'un seul regard. Son genjutsu était particulièrement puissant, reconnu comme le plus puissant utilisateur du clan.[4] Ses techniques les plus basiques pouvaient piéger facilement d'autres utilisateurs du Sharingan, comme Danzô, forçant ce dernier à s'en libérer en utilisant l'Izanagi. Shisui était également capable de piéger plusieurs individus dans son genjutsu à très longue distance.[5]
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Shisui était l'un des rares membres dans l'histoire du clan qui fut capable de s'éveiller au Mangekyô Sharingan. Sa forme est un moulin à quatre ailes et lui donnait accès à une puissante technique de genjutsu, un unique genjutsu considéré comme le plus puissant, Kotoamatsukami.[4] Cette technique lui permettait de rentrer dans l'esprit d'une personne et de la manipuler en lui faisant vivre de fausses expériences, lui donnant l'impression d'agir selon son propre chef ; la victime ne se rendait même pas compte qu'elle était manipulée.[6] Cette technique était très puissante, Shisui croyait qu'il pourrait l'utiliser pour faire en sorte que le clan tout entier abandonne le coup d'État.
Cette aptitude était tellement unique et puissance que même Tobi la voulait pour lui tout seul et fut enragé après avoir constaté que Danzô était parvenu à sceller l'œil avant de mourir.[7] Kabuto était également extrêmement ravi quand il apprit que le deuxième œil était greffé au corbeau d'Itachi.[8] Au sein de son propre clan, les yeux de Shisui étaient également perçus comme un trésor. De ce fait, avant sa mort, il dut s'assurer de faire croire en leur destruction avant de mourir, craignant que ses yeux ne soient la cause de conflits.[9]
Susanô complet de Shisui.Dans l'anime,[10] le Mangekyô Sharingan de Shisui possédait également la capacité de faire apparaître Susanô. Ses compétences avec cette technique lui permit même de produire un Susanô dans sa forme complète peu de temps après avoir perdu son œil droit. Il est de couleur verte et Shisui était capable de le faire apparaître dans sa forme complète. Sa défense était capable de résister à des parchemins explosifs attachés à des kunaï, laissant Shisui sans une égratignure. Son Susanô démontra son aptitude à libérer une barrière d'aiguilles de chakra de son buste à une vitesse incroyable.
