As águas do tempo de alguma forma foram alteradas. As armaduras dos Cavaleiros nunca existiram. Poseidon saiu vitorioso na guerra santa contra Athena, na era mitológica. Desde então, o mundo vive sob o domínio do Deus do Mar. O Santuário da Grécia, que seria o domínio de Athena, nunca chegou a ser construído. A fortaleza de Poseidon, no continente de Atlântida, nunca fora destruída, permanecendo até hoje como a mais poderosa nação no planeta, figurando no meio do Oceano Atlântico. Nos tempos atuais, Poseidon, antevendo a proximidade de uma nova Guerra Santa, trata de reunir seu exército de Marinas para defender seus domínios do terrível Hades! Seiya de Centauro Marinho! Hyoga de Aegir! Shiryu de Azure! Shun de Amphitrite! Os jovens Soldados Marinas devem enfrentar Fênix, o líder da Rebelião de Athena e se preparar para uma nova batalha!

Após a batalha contra Fênix e seus Marinas Negros na Ilha da Rainha da Morte, os Soldados se dividem. Seiya de Centauro Marinho e Shun de Amphitrite uniram-se a Ikki de Fênix na Rebelião de Athena e Hyoga de Aegir voltou para Atlântida junto com Shiryu de Azure. Descobrindo que Athena está viva e que Mitsumasa é aliado da rebelião, Shina de Serpente Marinha convoca Geist de Equidna e seus Cavaleiros Fantasmas para atacar a Fundação Graad. Seiya e seus amigos deverão enfrentar os novos inimigos, em uma luta que chegará até os confins da Amazônia!

Com o trágico desfecho da Saga da Amazônia, Tritão finalmente descobriu que Athena está viva e que ela é Saori Kido, a herdeira da Fundação Graad. Após o ataque de uma onda gigante no Japão e o envio de assassinos para matá-la no Coliseu, Saori e seus seguidores fogem para a Grécia, onde foi erguido o Santuário Secreto de Athena. O novo Grande Mestre do Santuário envia Seiya e os outros para uma missão na decaída Torre de Babel, onde estão escondidas as 12 Armas Sagradas, que foram forjadas pelos muvianos antes da destruição do Continente Mu. Apenas com as armas, Athena poderá restaurar seus poderes, mas para isso, eles deverão enfrentar os Comandantes Marinas enviados por Tritão! Enquanto isso, Kanon e Shina concluem seu ambicioso plano para destituir Tritão e dominar Atlântida!

As 12 Armas Sagradas caíram nas mãos de Kanon, que agora comanda Atlântida e o mundo disfarçado de Tritão. O deus maligno filho de Poseidon foi trancafiado pelo general de Dragão Marinho na Prisão do Cabo Sounion, com a ajuda do poder do Tridente de Poseidon que Kanon roubou do Templo Submarino. Após os fatos da Saga da Amazônia e da Batalha na Torre de Babel, mais e mais pessoas, cidades e países têm se voltado contra Atlântida e passado a seguir os preceitos de liberdade pregados pela Rebelião de Athena. A fim de subjugar a todos os que se opõem a ele, Kanon planeja reativar uma terrível arma que havia sido selada pelo próprio Poseidon, O Olho de Polifemo, capaz de dizimar um país inteiro com um único disparo, utilizando o poder das 12 Armas para energizá-lo. Seiya de Centauro Marinho, Shun de Amphitrite, Shiryu de Azure , Hyoga de Aegir, Mu de Elfo do Mar, Aldebaran de Ofiotauro e Ikki - O Fênix, acompanhados de Athena, tem apenas 14 horas para cruzar as quatorze ilhas que ficam no caminho para a Fortaleza de Atlântida, onde Kanon se encontra. Cada ilha é guardada por um dos poderosos Capitães Marinas, que estão com as Armas Sagradas sob seu poder! A verdadeira jornada dos Cavaleiros de Athena apenas começou!