Nesta segunda temporada de O Colégio, a história centra-se em Alice, Afonso e Nicolai. Alice acaba de sair do colégio para ir ter com Nicolai. Mas durante a sua viagem, no meio do caminho ela é abordada por uns desconhecidos, que irão relembrar-lhe de coisas sobre o seu passado. Afonso sai do colégio, preocupado com o...
Após um acidente trágico, Alice vai para um colégio interno. No colégio, conhece Rute, uma rapariga simpática que faz logo amizade com ela. E também conhece Afonso e os seus irmãos, Beatriz e Henrique, que logo à primeira vista parecem não simpatizar com ela. Um dia ao sair do refeitório, vai contra um rapaz misterios...