Después de desesmarcarár los secretos de NERV y SEELE, Gendo toma cartas en el asusto y usa al JSSDF para aniquilar a todos los empleados y pilotos de NERV y recuperar a los civiles para esconder sus verdaderas intenciones. Por otro lado, NERV se defenderá como pueda e intentara sobrevivir en esta guerra o muerte en el que solo el más fuerte saldrá victorioso y acabaran de una vez por todas con los planes de SEELE y Gendo para evitar el plan de instrumentalización humana y el posible tercer impacto. Shinji por primera vez en su vida dejara de esconderse y peleará por el futuro que siempre soñó y acabar con el sufrimiento de todos. ¿Quién ganará en esta guerra de superioridad? Los derechos de la mayoría de personajes no son míos, sino de su respectivo creador Hideaki Anno.

Después de vivir un infierno y ver cómo toda la gente que amo y quiso morir por su culpa. Shinji Ikari baga solo por el espacio dentro de su Eva (Unidad 01). Pero, ¿Qué pasaría si le dieran una segunda oportunidad y viaje al pasado para remendar sus errores? Los pilotos y el personal de NERV pasarán por situaciones que decidirán el futuro de la humanidad. Esta es la continuación directa de la nueva oportunidad que se le dio a Shinji Ikari. Todos los derechos de los personajes de Evangelion no son míos son de su creador Hideaki Anno.

Alguna vez te has preguntado, ¿Qué pasaría si Shinji Ikari viajará al pasado para remediar sus errores y salvar a la gente que amaba y quiere? ¿Ya?... Bueno pues esta es mi manera mi contalá. Nomás que tomará partes del anime, como las películas. De ahí su nombre Rebiuld Neón Génesis Evangelion. Acompaña a Shinji Ikari en esta travesía para eliminar a los ángeles que amenazan la vida de los Lilims, (humanos) y ve con tus propios ojos como deja su depresión atrás para salvar a la gente que quiere y ama del tercer impacto. Todos los derechos de los personajes de Evangelion no son míos son de su creador Hideaki Anno.

"What If" inspirado en Rebuild of Evangelion y Neon Génesis Evangelion Intentó de agregar una buena historia de Eva que no sea o Kawoshin o algún extraño crossover, ya que estos realmente abundan en la plataforma. Neon Genesis Evangelion y sus derivados son propiedad de Hideaki Anno y estudio Khara

Tras el Tercer Impacto, Shinji vagó por la tierra por un periodo indefinido. Su mente estaba perdida, tanto que había olvidado su nombre; todo lo que sabía hacer era avanzar hacia adelante. Un día se topó con el cuerpo de Asuka, lo que le hizo recuperar sus recuerdos. Tras una agónica secuencia de imágenes en su mente, quedó horrorizado y deseó nunca haber recobrado sus recuerdos, sin embargo, esto lo hizo darse cuenta de que solo él tenía el poder para cambiar su destino, debía participar activamente, no solo ser un espectador. Sin embargo, era muy tarde, toda la vida en la tierra se había extinguido. En ese momento, lleno de lágrimas y arrepentimiento, Rei y Kaworu se aparecen ante él y le ofrecen la oportunidad de regresar al pasado.