O ano é 2050 e finalmente os seres humanos a aceitaram a existência de seres sobrenaturais. Mas com essa aceitação surgiu os poblemas. Eles começaram a se relacionar com humanos criando uma nova raça, os híbridos. Mas essa nova espécie começou a dar problemas, viraram bandidos, montaram gangues, máfia e esquemas de tráfico. Por esse motivo foi criado o programa Ghosts, um projeto onde pessoas que herdaram o poder destes seres lutariam para impedí-los. Nosso protagonista se chama Tohsaka Yusuke (20 anos), um agente policial do 14° Distrito policial de Shinjuku em Tóquio onde a taxa de ataques sobrenaturais é maior em todo planeta. Sobre o cenário desse novo mundo ele verá coisas inimagináveis e encontrará as respostas que precisa e mistérios sobre seu passado.