La historia transcurre al culminar la tercera guerra mundial. El mundo quedó envuelto en caos, miseria y destrucción, debido al armamento nuclear que se utilizó. Los países que sobrevivieron se unieron y formaron un equipo de rescate llamado Anticrisis y la organización Neo Génesis, que busca restablecer el orden mundial, sin embargo como la tierra está en estado deplorable, Neo Génesis propuso la colonización del espacio digital (Digimundo) y por esta razón establecieron una base militar en File City, en donde vive el protagonista. Noir, es un joven de cabello turquesa que tendrá la misión de proteger la Ciudad, junto a Rouge, Violet y Bleu, con ayuda de sus compañeros digimons.

Los llamados inmortales, que al pasar de los siglos recibieron el nombre de Dioses. Ellos estuvieron presentes por muchos siglos, sin embargo luego desaparecieron dejando incontables dudas, por mucho tiempo no sé supo de ellos, hasta que Osiris el Dios egipcio apareció sobre la cabeza de la Esfinge, de igual manera resurgiría un misterioso Dragón escarlata; Creando un gran temor en el mundo. Cincuenta años después los gobiernos se preparan para la guerra. Tyler, los hermanos Silver (Bryan y José), Sophie y Vivian, serán parte importante de esta lucha debido a su gran dominio elemental (fuego, agua, tierra, aire y rayo), pero quien atacara primero, serán los Dioses , los Dragones o incluso la misma humanidad.