Han pasado cuatro años desde que Ben encontró el Omnitrix,en ese periodo Ben se ha separado de su reloj para iniciar una vida como cualquier muchacho de su edad. No obstante cuando un nuevo enemigo aparece amenazando la seguridad de la tierra Ben se verá forzado a ponerse el Omnitrix de nuevo y combatir a nuevos enemigos,Ben no estará solo en su lucha contra el mal, sino que estará acompañado de su prima Gwen y de dos héroes con temática animal.