Un comando renegado de la organización Foxhound amenaza con hacer explosionar un artefacto nuclear de potencia insólita en las islas Aleutianas. El experimentado agente Solid Snake es convocado para neutralizar al comando e impedir una guerra nuclear. La misión de Snake es conseguir sortear las impenetrables fortificaciones de la base, rescatar a los rehenes y desactivar ese arma mortífera. Solo en territorio hostil, armado con poco más que su ingenio, debe enfrentarse a unas tropas que han sido manipuladas genéticamente para ser los soldados perfectos, además de a seis asesinos excepcionales con habilidades extraordinarias. Pero nada es lo que parece. Todos esconden algo. Más de uno tiene un designio oculto. Y alguien sin duda quiere que Snake averigüe secretos de su oscuro pasado, unos secretos que podrían llevarle a cuestionar todas sus certezas.