Yoshida Arata se infiltra en la Preparatoria Metropolitana de Educación Avanzada para cumplir su mision, extraer al objetivo conocido como Ayanokouji Kiyotaka.

Un nuevo año escolar comienza en Koudo Ikusei, pero la calma pronto se ve amenazada por una tormenta que se avecina. Un grupo peligroso de élite conocido como Pandora llega con la misión de desestabilizar la institución y capturar a Yoshida Arata, un joven cuyo destino está marcado por oscuros secretos. Arata, dispuesto a proteger a sus amigos y compañeros, se enfrenta a esta amenaza con todas sus fuerzas. Sin embargo, la tarea no será sencilla, pues un misterioso nuevo estudiante transferido, quien se une directamente al segundo año, entra en escena con una conexión profunda y simbólica con él. Este joven guarda una verdad que podría cambiar el rumbo de todo, ya que es, en cierto modo, el origen de la tormenta que ahora los persigue. Mientras Arata lucha contra el peligro inminente y trata de desentrañar los secretos detrás de la llegada de este estudiante, algo aún más grande está en juego: una nueva vida está por nacer, trayendo consigo un futuro incierto, y con ello, un destino que podría alterar el equilibrio de todos. ¿Podrá Arata salvar a aquellos que ama y enfrentar la amenaza que se cierne sobre ellos, o su lucha será en vano ante los hilos invisibles que conectan su destino con el de aquellos que lo acechan? El año escolar en Koudo Ikusei será solo el comienzo de una guerra que ni ellos imaginaban.

Acontecimientos anteriores a Magnum opus. (Precuela) Recopilación de los sucesos más importantes de la operación delta. Nine es miembro de unas extrañas instalaciones dirigidas por el gobierno japones conocida como "la sala negra" un lugar donde usan a jóvenes para distintas misiones clandestinas. Sumérgete en el infierno y acompaña a nuestro protagonista en su camino de sangre y muerte antes de ser enviado a la Academia Tokyo Koudo Ikusei.