Mientras Scott prepara a Beacon Hills para su partida inminente, una presencia misteriosa sale de Eichen House. Scott y Malia buscan al dueño de una bala única, temiendo que una nueva generación de cazadores haya llegado a Beacon Hills. Al mismo tiempo, Lydia debe afrontar sus propios temores a Eichen House. Kara e Isaac deben enfrentarse a saber como ser padres y formar una familia sobrenatural

cott y su manada tienen que lidiar con la llegada de un nuevo enemigo y el regreso de un viejo amigo. Stiles es desconfiado con una nueva compañera de clase y Lydia ayuda a un estudiante con terrores nocturnos. Scott rastrea un nuevo cambiaformas que amenaza a Stilinski; y Malia recibe información sobre su madre.Kara e isaac estan en su mejor momento de relacion nada podria irles mal quizas una pequeña sorpresa les ayudaria.

Aún recuperándose de las trágicas pérdidas sufridas, Scott, Stiles ,Kara, Isaac, Lydia y Kira regresan a la escuela para un nuevo semestre. Enfrentándose a problemas más humanos que sobrenaturales y mientras intentan ayudar a Malia a reincorporarse a la sociedad

Con la llega de la manada de Alfas a la ciudad y tras descubrir que éstos han asesinado a Erica y Boyd, Scott y sus amigos deben hacer frente a una ola de asesinatos y sacrificios. Mientras tanto, Deucalion, el líder de la manada de Alfas, está decidido a corromper a Scott y evitar que se convierta en un Alfa verdadero para que se una a su manada. Tras descubrir que el asesino es un Druida oscuro conocido como Darach, Jennifer Blake, la nueva profesora e interés amoroso de Derek, se revela como el Darach, quien busca vengarse de Deucalion por haberla casi asesinado y revela que Lydia es una Banshee. Allison, Scott y Stiles deben hacer un ritual que pone en riesgo su vida para evitar que sus padres sean sacrificados. Nuevas especies como el Kitsune y los hombres-coyote son introducidas, mientras los chicos deben luchar contra los efectos del ritual mientras un espíritu oscuro conocido como el Nogitsune es liberado y posee a Stiles. Scott y sus amigos se concentran en salvar a Stiles pero un enfrentamiento con el nogitsune provoca bajas importantes entre la manada de Scott.Kara se le desvela el mayor secreto de sus padres el cual ella nunca llega a imaginarse a lo queda explicacion a sus nuevos habitos y su romance con isaac crecera o seguiran siendo amigos

Tras haber asumido el cargo de Alfa, Derek recluta nuevos miembros para su manada. Sin Derek para ayudar a Scott, Stiles y Kara se encuentra aún más envuelto en los asuntos de hombre lobo, mientras que Allison se entrena para participar más activamente en el negocio familiar. El destino de Lydia y Jackson serán explorados. Scott continúa en la búsqueda de una cura. La historia se centrará en la nueva manada de Derek, así como en un nuevo enemigo. Se revela más información de la familia Argent, así como en la historia de los personajes, y la preparación de algo nuevo que está por venir.

En la primera temporada, con los cambios y peligros que Scott se encuentra después de que el mar transformado en hombre lobo, adaptarse a los cambios en su cuerpo y la vida en cada llena luna, a sus amigos y queridos protegidos, y mantenerse con las personas que le envolv. Scott mantener una vida normal, mientras que oculta a todo el mundo su nueva vida como hombre lobo, pero, al ver que no puede debido a sus nuevos poderes, debe buscar otras opciones.