Ketika Kakashi mulai mengaktifkan Mangekyou Sharingan. Tiba-tiba sharingan itu membawa mereka entah ke dimensi mana yang membuat Naruto, Sakura dan Kakashi terjatuh dari atas dan tiba di kapal Bajak Laut Mugiwara. Petualangan mereka dimulai ketika Luffy menunjukkan sebuah pulau asing kepada Naruto.
Berawal dari ayahku yang memasukkan ku ke sekolah khusus yang mengajarkan murid nya untuk menjadi seorang agent. Mendapatkan misi pertamaku yang tergolong ringan. Sampai suatu saat krisis melanda karena sebuah organisasi gelap melancarkan aksi Bioterorisme. Bahkan agent amatir sepertiku pun dikerahkan dalam mengatas...