Las Pretty Cure empiezan el primer año de Instituto. Cuando destruyeron a la zona Totsuko y trajeron la paz al jardín del arcoiris Mepel, Mipel, Porúm y Lulún decidieron quedarse a vivir con ellas. Con el comienzo de las clases llegará un nuevo o antiguo enemigo del jardín de la luz, y esto vendrá acompañado de nuevos poderes, nuevos aliados y nuevas aventuras.