Luego de volver de las vacaciones, Spyro y los Skylanders regresan a la academia para continuar con sus actividades rutinarias y recibir nuevos cadetes. Mientras tratan de recuperar los viejos tiempos, la red, los sistemas de portales y los mecanismos empiezan a fallar a causa de un virus informático de una procedencia desconocida y oscura. Para solucionar las cosas, los héroes tendrán que hacer un viaje a un lugar inesperado: el espacio digital.