Después de los evento de Megaman zero 4,zero junto al resto de la resistencia lograrían la paz y volverían a neo-arcadia disfrutando de la paz y armonía. Pero todo eso acabaría cuando un sujeto desconocido vino para dejarles en claro que todavía les faltaba para conseguir la paz por lo cual tras esa amenaza e investigar verían que el problema es mayor de lo pensado,zero junto a cierto equipo viajaran al pasado para evitar una posible catástrofe que involucre no solo a ellos sino a todas las lineas de tiempo existentes PD: Los megaman usados o mencionados en este historia y sus personajes no me pertenecen a mi,si no a capcom