Bir Japon efsanesi üzerine araştırma yapmak için 21 yaşındaki Lara Croft gemi aracılığı ile Japonya'ya bir yolculuk düzenler. Fakat gemisi fırtına ile ikiye ayrılır ve Lara kendisini bir Japon adasında bulur. Hayatta kalmak için hem fiziki, hem de duygusal işkencelere katlanmak zorundadır. (Bu hikayenin bazı bölümlerinin oyunla alakası yoktur..)

Hori-san'ın Miyamura-kun'la birlikte geçen karşılıklı aşk hikayesi (Uydurmadır)