Kaizaki Nagamine, um jovem de 18 anos que vai para uma cidade chamada Agamyia e, de uma noite para outra se torna o protagonista de uma batalha que dura desde o início dos tempos. Ao longo que protege a cidade, descobre coisas do seu passado que não se lembrava, coisas que haviam sido apagadas, e sua conexão com esta estranha cidade.