Paradius é um continente desolado por fome, medo, individualismo e desesperança. Isso ocorre graças a recente notícia de que o mundo se resume a um só pedaço de terra que não possui tantos recursos. Não apenas isso como a presença do sobrenatural se torna uma visita incômoda a partir de portais que se abrem em Paradius sem o menor aviso e de lá pode sair qualquer tipo de criatura, no entanto, nada impede também uma pessoa de inverter os papéis e entrar em um desses portais. A história gira em torno de dois protagonistas, ambos afetados pelo mundo de maneira negativa, mas sobre circunstâncias bem diferentes. Peach e Elise acabam por entrar em um desses portais e graças a um incidente acabam ficando presos em outro mundo com criaturas sobrenaturais, mas isso resume apenas o início da trama...