Loena gaat terug in de tijd en belandt op Skyloft, een eiland uit het verleden dat boven de wolken zweeft. Ze heeft niet lang de tijd en moet over een paar dagen weer terug naar de toekomst. Loena kent de meeste mensen die op Skyloft leven wel van de legendes, ze ontmoet Groose, Cawlin, Strich en zelfs Zelda en Link! Maar ook Fledge, en ze wordt goede vrienden met hem. Maar ze moet terug naar de toekomst! En wat als de Demon Lord nog op de oppervlakte rondloopt?