Son nom est Lucia, elle a dix-huit ans. Elle est tombée de la Faille Spatio-Temporelle et ne sait rien de son passé. Dans la région d'Hisui, elle va faire la rencontre de nombreux Pokémon, du Groupe Galaxie et de deux Clans : le Clan Diamant, avec à sa tête Adamantin, et le Clan Perle, dirigé par Nacchara.
Sakura, jeune dresseuse Unysienne, va dans la région de Vallonia pour le Professeur Platane. Là-bas, elle rencontre Daisuke, un dresseur Pokémon accompagné d'un Colimucus. Mais pourquoi Sakura semble triste quand on lui parle de surnom Pokémon ? Quel est ce mystérieux collier et ce bracelet ? Quel est cette Team biza...