Die Geschichte erzählt die Ereignisse während des letzten Kampfes von Link und Ganondorf. Danach ist das Abenteuer aber noch nicht zu Ende. Nachdem Midna wieder ins Schattenreich zurückkehrte, fühlt sie sich nicht mehr wohl und versucht nach Hyrule zu kommen. Auch Link versucht sich wieder im Alltag zurecht zu finden und Zelda ebenfalls, aber der Frieden soll nicht ewig halten, da ein neues Wesen Unheil über Hyrule bringt.