Obito n'a pas tourné du mauvais côté et a été sauvé par Kakashi qui a utilisé le Chidori pour détruire le rocher. Rin est toujours en vie grâce à Minato qui a pu l'aider avec Isobu. Naruto vient de naitre et devient le Jinchuriki de Kyubi. L'histoire commence quand Naruto est encore à l'Académie. (Il est au courant qu'il abrite Kyubi).