Cette histoire est une alternative d'Evangelion 3.33 , dans cette alternative , le combat contre Zeruel tourna autrement , en effet le Third Impact n'a pas eu lieu , Kaworu étant arrivé avant que Shinji s'enrage évitant tout dégâts supplémentaires. Après un coma de deux mois Shinji se réveille , mais pourtant son aventure n'est pas encore terminée , que va-t-il se passer ? ... Et encore des mystères planent sur cette dure histoire . Les anges ? La NERV ? La SEELE ? Quelle est la réalité et les secrets les plus cachés?