Dopo la sconfitta di Profondo Blu, le Mew Mew sono tornate a condurre una vita pressoché normale e il pianeta natale di Pai, Kisshu e Tart è stato salvato grazie alla miracolosa acqua cristallo che li aveva riportati in vita. Ma un nuovo pericolo incombe, quando gli antichi seguaci di Profondo Blu, i Cavalieri Oscuri, si risvegliano e decidono di vendicarsi per il torto subito. Per poter evitare il disastro, Mew Mew e alieni dovranno allearsi e combattere con tutte le loro forze.

Si dice che il passato sia il punto di origine per ogni persona, il punto di partenza che gli ricorderà sempre da dove viene, ma Kisshu non può dire lo stesso. Non ha alcuna memoria di com'era la sua vita, prima di essere adottato dalla famiglia Ikisatashi. Nessun volto, nessun nome, solo un piccolo segno sul polso sinistro. Chi era, quali sono le sue origini? Ormai si è rassegnato a darci una risposta, ma forse non è tutto perduto.