Catorce meses después de haber salido de la isla, muchos sobrevivientes empezaron a desaparecer sin dejar rastro, fueron secuestrados. ¿Por qué? ¿Por quien? Ahora, con la ayuda de una prodigiosa organización mundial, deberemos sobrevivir, salvar a nuestros amigos, evadir y llevar a la justicia, a aquel detrás de esta cacería furtiva.

Todo es un caos. La destrucción se acerca. Solo hay una solución: olvidar nuestras diferencias, dejar atrás nuestras batallas por recursos y tonterías, y encontrar el Arca, o como unos la llaman: "la esperanza". No será muy fácil, no todos quieren cooperar, algunos solo competir. Incluyendo el hecho de que la ciudad es enorme, y no tenemos ni idea de por dónde empezar. Yo y mis amigos, tenemos una misión: encontrar el Arca, y sacarlos a todos antes de la Gran Destrucción.

Un virus Zombie azota la ciudad de Beagtown, creando destrucción y caos durante los primeros ocho días de la infección. La historia de tres personas, y de como el apocalipsis ha cambiado sus vidas, teniendo que superar sus perdidas luchando por sobrevivir.

En un último intento por detener los malvados planes de Mantícora, WICA ha enviado no solo a sus mejores agentes, si no también ha los Supervivientes de la Infección, a combatir a la Batalla de Beagtown. Soy Michael, y yo y mis amigos volveremos a la isla donde todo una vez inicio, para terminar con todo de una vez por todas, o este podría ser el fin de la humanidad.

Han pasado 4 años, 7 meses y 10 días después de los eventos de Halo 3, el juego comienza con un investigador de la ONI y la Dra. Catherine Halsey hablando de la historia de los SPARTAN-II, revelando que el gobierno desea conocer la clave del éxito del jefe maestro, para generar reemplazos para él. A continuación se muestra al Jefe Maestro y Cortana, quienes siguen vagando en el espacio, en los restos de la fragata UNSC Forward Unto Dawn, hasta que de pronto, Cortana logra detectar un extraño estruendo en la nave, ante lo cual se ve obligada a despertar al Jefe Maestro, sin decirle la razón por la cual lo despertó y qué es lo que ella hizo mientras dormía. John abre su cámara de Criogenización, toma a Cortana y empieza una lucha por investigar qué es lo que pasa; por el camino una onda naranja escanea la nave, el Jefe toma un elevador, sin embargo, éste se desploma. Afortunadamente John logra sujetarse, cuando inesperadamente aparece un Elite que intenta asesinar al Jefe. Luego de una c

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