Kioshi Tanaka es un joven estudiante de Japón con pocos amigos y serios problemas de comunicación. Un día mientras se dirigía a su hogar descubre una tienda un tanto peculiar que parece ser de marionetas de madera de un tamaño considerablemente grande. Es ahí donde conoce a una extraña chica que cambió su vida para siempre. Su pensamiento de "Vida aburrida" cambia rotundamente después relacionarse con ella a tal grado de entrar en su vida compartiendo agradables momentos en una polvorienta habitación. Mokusei No Kokoro es una historia romántica que cuenta la vida de un chico solitario y una extraña chica con un duro pasado que no puede superar.