El mundo se encuentra se encuentra en paz y el viento trae grandes cambios. Una empresa, conocida como Bio-Gen, esta a punto de hacer un anuncio que cambiara al mundo, el cual se encuentra expectante ante esta revelación. Sin embargo, en varios puntos han habido reportes de personas desparecidas y atentados, una de estas impactando fuertemente en la vida de Silver. Debera unirse al grupo formado por varios de sus amigos, con algunos reencuentros inesperados, para viajar a varios puntos del mundo y resolver la situación en el anonimato, sin saber que están a punto de enfrentar grandes peligros, ser testigo de revelaciones inesperadas y pagar un gran costo...

Las aventuras de Hunters Chronicles continúan en su capitulo más oscuro... Silver y Six ven sus caminos forzosamente separados cuando una vieja aliada les trae una terrible premonición de una futura tragedia que se alzará sobre el mundo. Six es llevada a Spagonia, adoptando una nueva identidad para intentar tener una vida normal para una niña de su edad, asistiendo a la escuela y conociendo nuevos amigos. Silver y el Gremio de Cazadores son convocados de emergencia a Cyan City, la cual fue invadida por violentos dinosaurios y fue puesta en cuarentena. Se forma el Grupo de Investigación & Reconocimiento Táctico (G.I.R.T.) para evaluar la situación, rescatar a los pobladores restantes, cazadores en peligro y descubrir la raíz del inexplicable incidente. Zero se encuentra en la ciudad siguiendo una nueva pista para combatir a Los Vigilantes, pero sus esfuerzos se ven interrumpidos cuando una misteriosa y poderosa criatura comienza a perseguirla sin descanso para darle fin a su viaje, ¿Quién es el responsable de esta nueva amenaza...?

Luego de los sucesos de "Hunter R-Evolution", el mundo se encuentra enfrentando un gran cambio... Debido al creciente numero reportes y victimas de ataques de dinosaurios y otras criaturas extrañas por el mundo, se ha fundado el Gremio de Cazadores, conformado por caza recompensas, mercenarios y ex solados que se encargan de mantener a rayas a estas criaturas. Sigue las crónicas de estos personajes viviendo todo tipo de aventuras mientras intentan descubrir la verdad, la redención y recuperar su libertad en este viaje: Silver, quien se encuentra junto a la pequeña Six intentando huir y protegerse mutuamente mientras son cazados por un grupo conocido como Los Vigilantes y sobreviviendo en un mundo que los considera una amenaza. Zero, una guerrera que busca la verdad en un pasado olvidado mientras intenta detener los misteriosos planes de Los Vigilantes de establecer un Nuevo Mundo. Iris, una reconocida caza recompensas que lucha por salir adelante, encontrar la redención de los errores que ha cometido en el pasado y demostrar su propia valía.