Kaworu Nagisa al fin es independiente, vive en un departamento solo donde al fin de siente cómodo. Sin embargo su felicidad momentánea se ve quebrada por alguien que interrumpe todas sus mañanas con fuertes portazos. Más allá de molestarse, Kaworu siente curiosidad por aquel chico que se va todas las mañanas sin más...
Kaworu Nagisa... Básicamente es la parte dos de Diario de Kaworu, pero con más yaoi
Kaworu Nagisa hace aparición en el instituto Seele; desde ese día, conflictos amorosos girarán en torno a Shinji junto a sus más cercanas amigas.