Centosettantesimo anno del Drago. Erano passati due anni da quando Rukio Ōryūgo, Co-fondatore del team Skyraiders, aveva salvato il mondo Pokémon dalla minaccia della Materia Oscura. Dalla perdita della sua compagna Amelia, si era impegnato a mantenere il suo titolo svolgendo missioni e salvando pokémon in difficoltà per realizzare i desideri di lei, sperando che al suo ritorno possa trovare il mondo che desiderava. I buoni propositi si rivelarono presto però una strada tortuosa e piena di ostacoli: una vecchia ombra del passato fece ritorno dal suo vagare nella notte dei tempi, portando al mondo uno strano velo dai filamenti neri e dalle cuciture cremisi. Accompagnato da due nuovi compagni dalla personalità bizzarra, il nostro eroe dovrà farsi largo per risolvere il mistero dietro la misteriosa sciarpa, prima che la sua forza o i suoi nervi si esauriscano per sempre.