Shinji Ikari es sacado de su vida tranquila en el campo de un Japón postapocalíptico para pilotar al Evangelion Unidad 01. Junto a la silenciosa y misteriosa Rei Ayanami, la ruidosa y agresiva Asuka Soryu y la tranquila y calmada Mari Makinami, Shinji lucharán contra Godzilla y otros monstruos para proteger Tokio-3, mientras descubren los secretos detrás de Nerv.