La Première Grande Guerre Shinobi s'acheva par un armistice fragile, laissant derrière elle des nations profondément meurtries. Bien que le traité ait instauré une paix apparente, les tensions couvaient toujours sous la surface. Vingt ans plus tard, les disparités économiques grandissantes entre les cinq grands pays ravivèrent les rancœurs. Sous couvert de reconstruction et de réparation des ravages du précédent conflit, les grandes puissances se réarmèrent et entamèrent une expansion territoriale agressive. C'est dans ce climat instable, nourri par les trahisons, les ambitions et les blessures non cicatrisées, que s'embrasa la Seconde Grande Guerre Ninja - un affrontement encore plus terrible que le précédent.