100 años después de la caída de Hyrule, un viejo conocido regresa tras un eterno letargo. En una carrera a contrarreloj, Link deberá de acabar con el mal que transformó su pueblo en un infierno antes de que la luz emergente del castillo se apague. Sin embargo, las consecuencias de permanecer en coma durante un siglo tratarán de acabar con él por medio de su consciencia.

Cinco años después del fin del Cataclismo, constantes sismos azotan Hyrule sin razón alguna. Héroe y princesa se ven obligados a investigar qué está pasando en las raíces del reino, más la expedición se vuelve una catástrofe al encontrarse súbitamente con el origen del mal que ha sometido al reino desde su concepción.

Cuando se confirma el rumor de que un joven proveniente de la Aldea de Hatelia se hizo con el poder de la Espada Maestra, el reino de Hyrule entra en estado de alarma ante la inminente llegada de la maldad en su más grande expresión.