La primera historia de Sonic se desarrolla en el pacífico mundo de Mobius, amenazado por el malvado Dr. Eggman, un científico loco con la ambición de conquistar el universo convirtiendo a los animales en robots. Sonic, un veloz erizo azul, se convierte en la esperanza para detener los malévolos planes de Robotnik. Su misión es recorrer coloridos escenarios, conocidos como las "zonas", como la clásica Green Hill Zone, recolectando anillos dorados y enfrentándose a los secuaces robóticos del villano. La historia se desarrolla con rapidez, destacando la personalidad fresca y rebelde de Sonic, en contraste con la astucia maquinadora del Dr. Eggman

Algún tiempo después de detener al Dr. Eggman una vez más, Sonic the Hedgehog se inquieta y decide hacer lo que mejor sabe hacer: viajar por el mundo en busca de aventuras. Subiendo a su confiable biplano, el Tornado rojo y blanco , el erizo azul comienza a volar por los cielos, buscando lugares desconocidos. Por nada más que un impulso, Sonic decide aterrizar en una isla sin pretensiones, llamada West Side Island . Al decidir relajarse y explorar la isla, Sonic ignora por completo la leyenda relacionada con la isla y las similitudes que tiene en relación con sus aventuras en la Isla Sur . Según la leyenda, en sus costas vivía un pueblo grande y próspero, que alcanzó su grandeza mediante el uso de misteriosas y poderosas piedras. Su paz podría haber sido eterna si no fuera por unos pocos elegidos que deseaban usar las piedras para sus propios beneficios egoístas, lo que provocó que los dioses se las quitaran y las escondieron en la isla...

Tras la explosión de la Death Egg en el espacio, la euforia de Sonic y Tails duró poco. Los restos humeantes de la estación espacial no cayeron sin rumbo; se estrellaron con un estruendo ensordecedor sobre Angel Island, la mítica isla flotante, hogar de la poderosa Esmeralda Maestra. El Dr. Robotnik, milagrosamente vivo, arrastró su maltrecho cuerpo de los restos, su mente tan retorcida como siempre, ya concibiendo su próximo plan. La isla, un paraíso esmeralda y ancestral, estaba protegida por su guardián, Knuckles the Echidna. Un ser formidable, fuerte y leal, pero ingenuo en la astucia de Eggman. El malvado científico no tardó en explotar esta inocencia. Con una sonrisa perversa, le dijo a Knuckles que Sonic y Tails eran los verdaderos villanos, intrusos que venían a robar la Esmeralda Maestra y a profanar su hogar. Convencido por las mentiras de Robotnik, Knuckles juró proteger la Esmeralda con su vida, sin saber que se convertiría en un peón en el juego de Eggman. Mientras tanto, Sonic y Tails, siguiendo el rastro de la Death Egg, se dirigían a Angel Island, ajenos a la trampa que les esperaba. Su objetivo: detener a Robotnik antes de que pudiera reparar su arma definitiva y volver a sembrar el caos en el universo.

Después de su derrota en Sky Sanctuary Zone, Mecha Sonic es gravemente dañado pero no completamente destruido. Abandonado por el Dr. Robotnik, Mecha Sonic comienza a desarrollar una forma primitiva de conciencia y una necesidad imperiosa de energía de la Esmeralda Maestra (o Chaos Emeralds, si encaja mejor con la línea de tiempo de Sonic 4) para repararse y volverse más fuerte. Su objetivo ya no es solo derrotar a Sonic, sino trascender su programación y demostrar su superioridad. Su viaje lo lleva a los lugares que mencionas, buscando fuentes de energía.