los hechos ocurren 5 años después de los violentos sucesos ocurridos en new meridian a causa de la batalla entre eliza y la skullgirl marie, eliza siendo fugitiva a nivel mundial y parasoul siendo la nueva reina del reino canopy, misteriosamente algunas chicas como cerebella y squigly han sido revividas, y al parecer otra candidata a skullgirl estaría por llegar a new Meridian para cumplir el sueño de su aldea, pero cosas muy difíciles y extrañas están por suceder desde venganza hasta una poderosa entidad, todas las chicas estarán metidas en otra situación donde una posible skullgirl aparezca.