En una línea del tiempo alternativa muy parecida a la línea de Link niño, luego de derrotar a la máscara de Majora, Link regresa a Hyrule y se encuentra con Zelda. Pero de repente fueron interrumpidos por unos ninjas que aparecieron de la nada secuestrando a Zelda. Link comienza a seguirlos hasta llegar a una isla llamada Sooga, dando inicio a una nueva aventura en donde conocerá nuevos amigos y nuevos enemigos. Sin embargo, un antiguo enemigo regresa en busca de la Trífuerza para gobernar no solo Hyrule y la isla Sooga, sino también el mundo. Y para eso Link necesitara todo el Valor para traer la paz al mundo y detener a esta antigua amenaza con la ayuda de sus aliados de una vez por todas.