Al ser abandonado tras la muerte de su madre, Shinji Ikari creció lleno de odio hacia su padre. Usando ése sentimiento, decidió convertirse en una versión superior de sí mismo llevando al máximo todas sus capacidades y desarrollando nuevas bajo la guía de su tutor, el Profesor Yoshida, quien siendo consciente de sus progenitores, le entregó las herramientas para lograrlo. Año 2015. Un estupido error hará que Shinji entienda que no se puede huir del pasado y que para ser libre deberá reconciliarse con esos recuerdos o destruirlos completamente, mientras, el destino de la humanidad caerá sobre sus hombros al tener que enfrentarse a las formas de vida gigante conocidas como "Angeles" pilotando al humano sintético, la Unidad Evangelion 01.

«Después de morir y reencarnar cientos de veces, es imposible no darme cuenta que ya no estoy en la tierra. ¿Acaso son patas las que salen de mi espalda? ¿Por qué nada se asemeja a lo que conozco? En fin, solo es una nueva vida, veamos qué puedo hacer mientras dura.» Una historia llena de desarrollo personal, política, comercio, aventura y una pizca de romance. Nuestro protagonista, ahora reencarnado en algo diferente a los humanos, entiende que ya no se encuentra en el mundo que conocía y que ahora, con la existencia de razas que solo existían en los mundos de fantasía y la nueva fuente de energía espiritual llamada "Flujo de maná", puede tener una experiencia mucha más interesante y satisfactoria que en sus otras ya olvidadas vidas. ¿Logrará sus cometidos? ¿Cómo afectará su existencia en este nuevo mundo? ¿Aprenderá a usar su opistosoma algún día?

Cruel Angel's Thesis, "La tesis del Ángel cruel", transcurre en el universo de Neon Genesis Evangelion, donde la humanidad se ve obligada a luchar por su supervivencia contra la progenie de Adán: los Ángeles. La agencia paramilitar NERV utiliza a los Evangelion para contrarrestar esta amenaza, unos seres biomecánicos pilotados por jóvenes de entre 20 y 18 años. ¿Estará la humanidad segura en las manos de estos jóvenes?