Alisson "Ali" Evans é uma jovem de 16 anos cujo coração que arde como uma chama e que a alertava de uma presença ou perigo. Ela sempre busca as respostas sobre seu passado e fazer justiça contra o assassino que matou seus pais há 10 anos. Mas a vida dela está prestes à mudar. Um dia, Ali descobre e testemunha uma luta de quatro tartarugas mutantes Leonardo, Donatello, Rafael e Michelangelo que estão lutando contra Karai e o Clã do Pé. Quando um dos ninjas do Pé dispara uma bazuca nas tartarugas, mas só atingiu nas docas. A explosão arremessa Leonardo para o mar e ele fica inconsciente. Ao perceber o perigo, Ali corre até as docas, saltou para o mar e salva Leo, mas logo o deixa na praia até ele ser encontrado por seus irmãos. Após salvar Leo, Ali faz amizade com as tartarugas e acaba por ser treinada por Splinter, o pai adotivo e sensei das tartarugas. Ao ajudar Ali à procurar pela verdade de seu passado sombrio, Leo descobre que tem sentimentos pela garota e se apaixona por ela. Ali decide contar com a ajuda das tartarugas e de seus novos amigos April O'Neil e Casey Jones para encontrar a verdade e o assassino de seus pais (que é na verdade é o Destruidor), é também ajudar as tartarugas a proteger a cidade de Nova York.