TERCERA Y ULTIMA PARTE El planeta sufre las consecuencias de un virus mortal que ha infectado a gran parte de la población. Thomas lidera a un grupo de supervivientes que emprende la difícil misión de conseguir una cura. ¿Será Thomas capaz de sobrellevar todo sin sacrificar ninguna vida?

Tras escapar de El Laberinto, Thomas y sus compañeros llegan en helicóptero a un recinto desconocido que está siendo atacado por los 'raros' o humanos infectados. Allí los recibe el señor Janson, quien les anuncia que es el director del lugar, un refugio en el que estarán protegidos de CRUEL, o eso es lo que creen. Segunda parte

Thomas es un adolescente cuya memoria fue borrada y que ha sido encerrado junto a otros chicos de su edad en un laberinto plagado de monstruos y misterios. Entre esos chicos Newt, un chico que le hará pensar que, a lo mejor, no todo esta tan mal