Essa história se passa 7 anos após as aventuras originais do sol e lua. Apresentando um novo protagonista, e o retorno de vilões da série. Essa é uma história mais focada nos eventos do manga e dos jogos, e também, em trazer uma história mais madura de pokémon, abordando temas mais sérios e trazendo um aprofundamento maior nos personagens e em suas motivações

Um cometa enorme vindo do céu, colidiu com a terra, e trouxe um terrivel virús que transformou grande maioria da população do mundo, em monstros deformados e vazios, que não sentem nada além de uma extrema fome de sentir o medo e o sangue dos fracos, felizmente não foram todos que ficaram assim, mas vão ter que lidar com a dificuldade em ter que sobreviver no mesmo mundo em que esses monstros, foi então revelado uma instalação em cada região do mundo, que seriam como abrigos para aqueles que não foram infectados. Então um grupo de 8 pessoas foi formado para lutar contra essas aberrações e mudarem o destino que foi traçado para eles, mas eles nao contavam com alguns emprevistos...