Esta historia tiene lugar en una realidad alternativa, en donde Jaden Yuki no pudo rescatar a sus amigos atrapados en otra dimensión por culpa de Yubel. A raíz de esto, el rey supremo tomó control del cuerpo de Jaden, se apoderó de la dimensión en la que estaban, venció a Yubel y la obligó a fusionarse con su espíritu para tener suficiente poder para volver a su dimensión. Una vez allí, no tardó en controlar el mundo de los duelos con sus nuevos poderes, desatando un nuevo régimen desde las sombras, convirtiendo los duelos en un medio de codicia, perversión y corrupción. La historia se centra en Asher Lewis, un chico que, a su temprana edad, consiguió ser profesional en el juego de cartas. Para conseguir su objetivo de destronar al rey de los duelos, él y sus nuevos amigos tendrán que aprender a usar sus nuevos mazos de manera poco convencional en una academia centrada en los duelos de cartas. Sin embargo, a medida que Asher y sus amigos se adentran en las profundidades del nuevo mundo de los duelos, se darán cuenta de que la verdad es más oscura y perturbadora de lo que creían.

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