Luego de acabar con el 『Gran Desastre』 que sacudió al Imperio Vollachia, quienes se enfrentaron a ello intentan calmar todo el caos provocado mientras nuevas adversidades se presentan.

En el desenlace de la Batalla por la Capital Imperial, se levanta el telón del Gran Desastre. Mientras los que murieron en el Sagrado Imperio Vollachia continúan acumulándose y aumentando, Vincent Vollachia emite una orden de retirarse a la ciudad fortificada de Garkla, en el noroeste. Mientras tanto, Natsuki Subaru, sus aliados y su enemigo, Todd Fang, se retiran juntos de Lupugana. En el camino, eliminan numerosos seres no-muertos, apodados "zombis", hasta que ocurre una traición, lo que hace que Emilia y Rem intervengan en la situación. Después de que Subaru pierde el conocimiento, se despierta en un carruaje dragón que sale de la Capital Imperial y se encuentra cara a cara con sus amigos en el Campamento Emilia, el Batallón de las Pléyades y Vincent, el hombre que una vez se hizo llamar Abel. Después de resolver las discrepancias en su relación, ellos y sus aliados comienzan a trabajar para poner fin a la destrucción causada por el ejército de no-muertos y su comandante.

Después de Subaru y compañía. superó con éxito los cinco obstáculos en la Atalaya de las Pléyades, él, Rem y Louis se teletransportan al Imperio de Vollachia y ahora están varados en medio de una gran pradera, rodeados de vastos bosques con Rem incapaz de reconocerse a sí misma, y mucho menos a Subaru. Después de un desafortunado giro de los acontecimientos, Rem y Louis huyen, dejando a Subaru sin otra opción que encontrarlos. Sin embargo, durante su frenético escondite en la jungla de Buddheim, el trío se vio envuelto en un conflicto mortal entre el 77º Emperador del Imperio Vollachiano y los hombres enviados a tomar su cabeza.

La lucha contra el Culto de la Bruja ha terminado, pero quedaron profundas cicatrices de los eventos ocurridos en la ciudad de Priestella. Para salvar a las personas a las que se les quitó el nombre, el grupo de Subaru se dirige a la torre del Sabio, en dirección al extremo más alejado del mundo. Las Dunas de Arena de Augria, una guarida de mabestias y miasma llenando la atmósfera. Y la clave para cruzar este inexplorado mar de arena es la cautiva "Domadora de mabestias". Con las hermanas Oni que habían perdido sus recuerdos, un espíritu artificial que después se hace llamar a sí misma "Bruja", y junto al "Amable caballero" a quien le habían quitado el nombre, el grupo desafíara a la Atalaya de las Pléyades.

Liberándose de su bucle de muerte en la ciudad real, Subaru se despierta en una opulenta mansión, atendido por las criadas gemelas Ram y Rem. Después de sufrir lesiones terribles, fue llevado a la mansión del marqués Roswaal, el patrocinador de Emilia. Las dos doncellas, junto con la joven bibliotecaria Beatrice, son las únicas protectoras de la mansión, ¡pero sus días tranquilos y pacíficos terminan de manera violenta cuando comienza otro bucle de muerte! Subaru es el único que recuerda el tiempo que pasó con las personas que le importan, pero ¿podrá salvarlas? Segundo arco argumental de la web novel de Re: Zero.

Subaru Natsuki solo estaba tratando de llegar a la tienda de conveniencia, pero terminó siendo transportado a otro mundo. Él se encuentra con cosas habituales: situaciones que ponen en peligro la vida, bellezas de cabello plateado, gatos-hada, ya sabes, cosas normales. Todo eso sería lo suficientemente malo, pero también ganó la habilidad mágica más inconveniente de todos los viajes en el tiempo, sin embargo, tiene que morir para usarlo. ¿Cómo le pagas a alguien que salvó tu vida cuando todo lo que puedes hacer es morir? Primer arco argumental de la web novel de Re: Zero.